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GENOMA - Sequenciamento do GENOMA TOTAL para Avaliação de Riscos / Predisposição a Doenças Genéticas

Sequenciamento do GENOMA TOTAL para Avaliação de Riscos / Predisposição a Doenças Genéticas 


Informação geral / Metodologia

O teste sequencia >99% de todos os genes existentes no genoma para detectar diferenças de bases (variantes) entre o "genoma testado" e o "genoma de referência" GRCh37. O sequenciamento completo do GENOMA TOTAL, realizado na Theragen,  em um instrumento Illumina HiSeq X Ten, permite coberturas médias >30X. O total de leituras de sequências do DNA obtidas corresponde a 90Gb de informação.

Quais análises são realizadas, pessoalmente, pelo Prof. Dr. Sérgio Pena*, Médico Geneticista Diretor do Laboratório GENE responsável pelo laudo?

*acesse o seu Curriculum Vitae pelo link da Academia Brasileira de Ciências http://www.abc.org.br/public/CVsLattes/5969241975196292

Vejamos:

1) Análise de variantes não-polimórficas e de variantes  patogênicas

O teste do GENOMA TOTAL pesquisa variantes não-polimórficas, ou seja, com frequência < 1% na população geral e entre elas as variantes sabidamente patogênicas, tanto as  autossômicas como as ligadas ao cromossomo sexual X.

2) Análise do DNA Mitocondrial

A análise do DNA Mitocondrial está incluída no teste do GENOMA TOTAL, lembrando tratar-se de uma pequena molécula presente no citoplasma das células (e não no núcleo). Ele tem origem exclusivamente materna, sendo transferido intacto, quando o óvulo fertilizad, a todos os filhos homens e mulheres.

3) Análise de Variações de Número de Cópias (CNVs - Copy Number Variations)

Outra análise que é parte do exame do GENOMA TOTAL é denominada ngQUANT e averigua, com base nos dados obtidos pela técnica de sequenciamento de nova geração (técnica NGS - Next Generation Sequencing), se há presença de alguma CNV (copy number variantion) patológica, definida como uma microdeleção ou microduplicação cromossômica sabidamente patogênica ou com tamanho superior a 300 Kb e que possa influenciar a saúde da pessoa testada.

4) Análise de variantes  selecionadas como de especial interesse médico pelo ACMG - American College of Medical Genetics and Genomics (Colégio Americano de Genética Médica)

American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) recomenda que todo teste do GENOMA TOTAL inclua especificamente a pesquisa de variantes em 59 genes com importância clínica bem conhecida. Todos eles são analisados pelo Dr. Sérgio Pena, a saber:  ACTA2, ACTC1, APC, APOB, ATP7B, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CACNA1S, COL3A1, DSC2, DSG2, DSP, FBN1, GLA, KCNH2, KCNQ1, LDLR, LMNA, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, MYBPC3, MYH11, MYH7, MYL2, MYL3, NF2, OTC, PCSK9, PKP2, PMS2, PRKAG2, PTEN, RB1, RET, RYR1, RYR2, SCN5A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD3, SMAD4, STK11, TGFBR1, TGFBR2, TMEM43, TNNI3, TNNT2, TP53, TPM1, TSC1, TSC2, VHL e WT1.

5) Análise de painel de genes associados ao Câncer Hereditário

O teste do GENOMA TOTAL inclui o diagnóstico de possíveis mutações patogênicas em 216 genes associados com a predisposição familial para câncer, a saber: ACD, AIP, AKT1, ALK, ANKRD26, APC, AR, ARMC5, ATM, ATR, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BTNL2, BUB1, BUB1B, BUB3, CASR, CBL, CD82, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CEBPA, CENPJ, CEP57, CHEK2, CREBBP, CTC1, CTNNA1, CTR9, CTRC, CYLD, DDB2, DDX11, DICER1, DIS3L2, DKC1, EGFR, ELAC2, ELANE, EPCAM, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ESR2, ETV6, EXT1, EXT2, EZH2, FAM175A, FAN1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FH, FLCN, G6PC3, GALNT12, GATA2, GDNF, GFI1, GPC3, GREM1, HABP2, HAX1, HNF1A, HNF1B, HOXB13, HRAS, IPMK, KIF1B, KIT, KLLN, KRAS, LIG4, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAX, MC1R, MDH2, MEN1, MET, MITF, MLH1, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSR1, MUC5B, MUTYH, MXI1, NBN, NDUFA13, NF1, NF2, NHP2, NOP10, NRAS, NSD1, NTHL1, OGG1, PALB2, PALLD, PARK2, PARN, PAX5, PDGFRA, PHOX2B, PIK3CA, PMS1, PMS2, PMS2CL, POLD1, POLE, POLH, POT1, POU6F2, PPM1D, PRF1, PRKAR1A, PRSS1, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRJ, RAD50, RAD51, RAD51C, RAD51D, RAF1, RASAL1, RB1, RBM45, RECQL, RECQL4, REST, RET, RHBDF2, RINT1, RNASEL, RPL11, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS7, RTEL1, RUNX1, SBDS, SCG5, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEMA4A, SFTPA1, SFTPA2, SHOC2, SLX4, SMAD4, SMAD9, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SOS1, SPINK1, SPRED1, SQSTM1, STK11, SUFU, TERC, TERF2IP, TERT, TINF2, TMEM127, TNFRSF11A, TP53, TSC1, TSC2, USB1, VHL, WAS, WRAP53, WRN, WT1, XPA, XPC, XRCC2 e ZFHX3.

6) Análise de variantes em genes polimórficos associados com Doenças Genéticas Comuns

a) Doença de Alzheimer de Início Tardio (http://www.laboratoriogene.com.br/exames/alzheimer-doenca-de/)

b) Trombofilia (http://www.laboratoriogene.com.br/exames/trombofilia/)

c) Hemocromatose - gene HFE (http://www.laboratoriogene.com.br/exames/hemocromatose-painel-ampliado-quatro-mutacoes/)

d) Intolerância à Lactose - gene MCM6 (http://www.laboratoriogene.com.br/exames/intolerancia-a-lactose/)

7) Análise de Variantes Farmacogenômicas

A farmacogenômica lida com diferenças hereditárias na ativação e degradação de fármacos e de seus respectivos alvos. Ela  avança a passos acelerados e, hoje, o conhecimento já é informativo em relação à influência de genes polimórficos que codificam enzimas metabolizadoras de uma série de medicamentos, embora o conhecimento sobre receptores e transportadores também esteja fluxo. O maior impacto entre as enzimas metabolizadoras (ativadoras e degradadoras) de fármacos é exercido pelo conjunto de citocromos P450, as principais enzimas da fase I (“ativadores”). Entre estes, os genes CYP2D6, CYP2C9 e CYP2C19 são altamente polimórficos e, em conjunto,  contabilizam cerca de 40% do metabolismo hepático da fase I humana. Adicionalmente, os polimorfismos de CYP2C8 e de várias outras enzimas também contribuem para diferenças interindividuais no metabolismo de medicamentos. Além dos polimorfismos principais, o teste do GENOMA TOTAL inclui a análise de outros polimorfismos farmacogenéticos nos quais variantes significativas sejam diagnosticadas no DNA  do indivíduo testado.

8) Limitações

Alguns tipos de alterações genéticas podem não ser detectados no sequenciamento genômico:

a) Mutações por deleção ou duplicação de todo o gene ou parte dele.

b) Mutações por expansão de microssatélites (mutações dinâmicas).

c) Doenças associadas a mutações em dois genes diferentes (herança digênica).

d) Alteração genética ainda não reconhecida como a causa de doença ou de predisposição a doença por ser incompleto o conhecimento científico sobre a função dos genes no genoma humano e sobre o impacto de variantes naqueles genes.

9) Amostra: 4ml de sangue em EDTA.

10) Prazo de Resultado: cerca de 90 dias úteis.

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TIPO E QUANTIDADE DE MATERIAL

4ml de sangue em EDTA

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PRAZO DE ENTREGA

cerca de 90 dias úteis